<스카이 프로리그 2004> 3라운드는 1라운드 우승팀 한빛스타즈, 2라운드 우승팀 팬택앤큐리텔 큐리어스를 비롯, SK텔레콤 T1, KTF 매직엔스 등 총 10개 팀이 참가해 혈전을 벌이게 된다. 국내 최대 규모의 e스포츠 대회인 <스카이 프로리그 2004>는 상금 규모 2억 7천만원을 걸고 10개월 간 진행된다.

총 3라운드로 진행, 각 라운드별 3개 우승팀과 최고 승률 한 팀이 내년 2월에 최종 그랜드 파이널을 치르게 된다. 3라운드도 2라운드와 마찬가지로 양대 리그로 나뉘어 진행되며 리그 구성은 1, 2 라운드의 정규시즌 통합 순위를 바탕으로 스네이크 방식을 따랐다.

새턴리그(토요일)는 팬택앤큐리텔 큐리어스(1위), GO(4위), SouL(5위), 이고시스 POS(8위), 헥사트론 드림팀(9위)이, 머큐리리그(수요일 리그)는 한빛스타즈(2위), KOR(3위), SK텔레콤 T1(6위), KTF 매직엔스(7위), 삼성전자 칸(10위)이 대결을 펼치게 된다.

경기 맵은 기존의 2대2 팀플 맵이었던 ‘머큐리 제로’와 ‘오딘’이 평지형 맵인 ‘네오 기요틴’과 언덕형 4인용 신규 맵인 ‘아이인더스카이’로 교체된다. 개인전 맵도 ‘비프로스트3’와 ‘제노스카이’가 빠지고 ‘네오 포비든존’과 ‘알케미스트’가 추가된다. 기존의 ‘레퀴엠’’은 6시 진영 자원 채취가 원활하도록 수정했으며 ‘인큐버스 2004’는 그대로 사용된다.